La potatura è un'operazione fondamentale per la cura delle piante acquatiche. Essa consiste nel rimuovere le foglie e i rami danneggiati o malati, nonché quelli che ostacolano la crescita delle altre piante. La potatura può essere effettuata in qualsiasi momento dell'anno, ma è preferibile farlo in primavera o in autunno, quando le piante sono in fase di riposo vegetativo. Per potare le piante acquatiche, è necessario utilizzare delle cesoie affilate e disinfettate. Si inizia rimuovendo le foglie e i rami danneggiati o malati. Successivamente, si procede a potare i rami che ostacolano la crescita delle altre piante. È importante non potare troppo le piante acquatiche, in quanto ciò potrebbe indebolirle e renderle più suscettibili alle malattie. Dopo la potatura, è consigliabile concimare le piante acquatiche per aiutarle a riprendersi.